SC101的硬盘数据连接线缆接口是40针80芯的，所以ATA-4之前的硬盘都无法使用，推荐使用并行ATA-6标准的硬盘，一些ATA-5的硬盘也能在SC101中使用。ATA-6即通常所说的ATA133，而ATA-5就是ATA100。Maxtor（迈拓）是ATA-6标准的提出者，所以它推出的硬盘很多都是ATA-6的，其他公司的ATA-6的硬盘则较少，ATA-5的硬盘较多，在考虑选择硬盘时，可参考下列硬盘兼容列表，这些型号都已经过测试可以使用在SC101上：

Hitachi

• GST 40 GB
• GST 160 GB
• HDS7240KLAT80 400 GB
• HDS7250KLAT80 500 GB
• HDS728080PLAT20 80 GB
• HDS728080PLAT20 250 GB

Maxtor

• 5400RPM 40GB
• 7200RPM 40GB
• DiamondMax Plus9 80 GB
• DiamondMax Plus9 120 GB
• DiamondMax Plus9 160 GB
• DiamondMax 10 200 GB
• DiamondMax 10 250 GB
• Diamond Max 10 300 GB

Samsung

• Samsung 40 GB
• Samsung 80 GB
• Samsung 120 GB
• Samsung 160 GB
• Samsung 200 GB

Seagate

• Barracuda Series:
  • ST380011A 80 GB
  • ST312011A 120 GB
  • ST3200822A 200 GB
  • ST3250823A 250 GB
  • ST3400832A 400 GB
• Seagate 40 GB
• Seagate 160 GB
• Seagate 300 GB

Western Digital

• WD400BB 40 GB
• WD800 80 GB
• WD1200JB 120 GB
• WD1600 160 GB
• WD1600 250 GB
• WD2000 200 GB
• WD2500 250 GB
• WD3200 320 GB

SC101中可以安装两块硬盘，但不管安装几块，跳线都必须设置为”Cable Select”（即“线选”），否则无法正常工作。譬如Hitachi（日立）的硬盘出厂时的默认设置是”Master（主盘）”，而不是”Cable Select”，不同厂商的硬盘出厂设置有所不同，所以安装前务必检查硬盘跳线的设置是”Cable Select”。具体的安装信息请参看SC101的参考手册。

安装了硬盘后，开启SC101，若电源灯周期性地进行连续四次的闪烁，那么表示硬盘在SC101中无法使用，硬盘格式是ATA-5或者更老的。另外，若电源灯周期性连续闪烁3次，表示网络寻址出错，SC101无法获得IP地址，周期性连续闪烁2次表示硬盘2出错，周期性闪烁一次表示硬盘1出错。

SC101与电脑采用的存储方式不同，不能将两者使用的硬盘互换，若将SC101的硬盘安装在电脑上，则上面存储的数据是无法被电脑识别的，这一点请切记。